船舶每年携带的压载水约有1.2×1011t，每天存在于船舶压载水中随船周游的生物多达7000种，许多细菌、植物和动物经过数月的航程仍存活于压载水及其沉积物中，船舶到岸时为空出吨位，这些生物随着压载水被排放到港口国水域。由船舶排放压载水引发的外来生物入侵已成为海洋中有害生物传播的主要途径，破坏了海洋生态并给造成大的经济损失。
1、对于航行船舶
船舶在距陆地3海里以外，排放业经粉碎和消毒的生活污水，或在距陆地12海里以外排放未经粉碎或消毒的，或来自储存活动物处所的生活污水。但不论哪种情况，不能将集污舱中储存的生活污水排光，而应在船舶以不低于4节的航速航行时，以适当的速率排放；排放速率应经主管机关根据海事组织制订的标准予以同意；或船舶所配备的正在运行的经同意的生活污水处理装置已由主管机关验证符合本附则中所述的操作性要求；此外，排出物在其周围的水中不应产生可见的漂浮固体，也不应使周围的水变色。
2、对于内河船舶
（1）航行于内河水域的船舶，其生活污水不应随意向水域排放。船舶生活污水应排至接收设施或经生活污水处理装置处理达到排放标准后才能排往水域。
（2）经过处理的船舶生活污水的排放应避开取水源，并不应在停靠码头时排放。
（3）经过处理的船舶生活污水的排放应进行控制，排放应在船舶航行中进行。
（4）航行于京杭运河的船舶的生活污水应贮存在船上，排放给接收设备，严禁将生活污水排往水域。
（5）餐饮趸船(餐饮供给船)的餐饮污水不应向水域排放，应排放至污水贮存舱(柜)，由船/岸部门予以接收。
（6）内河客船的餐饮污水不应向水域排放，应贮存在专门的容器中，由船/岸部门予以接收。
（7）不在规定范围内的小型船舶应尽可能采用简易的收集设备和措施、不要将未处理的污水直接排往水域。
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